上海中医药大学交叉科学研究院于2016年成立。研究院建立伊始就致力于中医药学与生命医学相关学科的交叉融合，旨在通过发挥多学科交叉和人才聚集优势，打造面向国际、国内一流的中医药多学科交叉和生物医学前沿的系列研究平台。研究院围绕国家重大需求和国际生命医学领域前沿问题，立足中医药现代化与国际化的关键难题，加强中医药自主创新与国际合作，促进中医药学与生命医学相关学科的交叉融合，加快中医药基础研究向临床研究的转化和应用，为我国日益增长的全民健康服务需求做出重要贡献。
研究院成立至今，先后从海内外引进了多个具有国际水准的高水平研究团队，并形成了中医药表型组学、中药化学生物学、中药系统药理学、系统药代动力学、定量药理学、中医方证基础六大前沿研究中心。目前拥有专职科研人员60余人，其中正高级专任教师20人，客座教授及外籍教授6人。其中国家杰青、国家优青、岐黄学者、上海市优秀学科带头人、上海市千人等国家和省部级人才10余人。研究方向涵盖了中药化学、中药药理、化学生物学、药物分析、药代动力学、中药制剂、中医药表型组学、中医方证基础及中医药大数据等多个领域。
近五年来，研究院先后承担科技部国家重点研发计划、重大新药创制重大专项、国家自然科学基金及上海市各类科研项目200余项；研究院还积极推动科研成果的产业化和社会服务，先后与上药集团、康缘药业、东阿阿胶等知名企业签订横向合作课题80余项，并与黑龙江珍宝岛药业等公司合作设立了人才培养和产学研合作专项基金，横纵向科研经费累计超3亿元。先后在Cell Metabolism、Gut、Nature Chemical Biology、ACS Nano等国内外学术刊物发表SCI收录论文700余篇。多人荣获国家科技进步一等奖、国家科技进步二等奖、上海市科技进步一等奖、上海市药学科技奖一等奖等荣誉。2020年，中医药多学科交叉创新团队还入选了首批国家中医药多学科交叉创新团队。研究院多人入选全球前2%顶尖科学家榜及中国高被引学者榜单，多人应邀担任多个国际知名学术刊物编委、国家级二级学会主委、副主委以及国家自然科学基金会评专家、国家药品审评专家等学术职务。
目前研究院拥有开展中药化学、药物化学、药物动力学、系统生物学、分子药理学以及生物信息学研究所需的各类硬件设备，包括Q Exactive™ HF-X 组合型四极杆Orbitrap™ 质谱仪、超高分辨率活细胞成像系统、Operetta CLS 高内涵细胞成像分析系统、高分辨飞行时间蛋白组液质联用仪（Triple-TOF 5600）、串联三重四极杆质谱联用仪（Triple-QUAD 4500）、微量热泳动仪、细胞能量代谢分析系统、多功能细胞定量分析仪、电感耦合等离子质谱仪、紫外引导自动纯化制备液相色谱系、超速离心机、倒置荧光显微镜、全自动荧光酶标仪、高效液相色谱仪等大型仪器。
